W celu wykonania migracji struktur danych należy podłączyć się do bazy danych wykorzystywanej przez serwer dLibra i wykonać zapytania SQL dokonujące migracji. Plik z zapytaniami znajduje się w pakiecie dystrybucyjnym w katalogu /migrate-sql/[rodzaj.bazy.danych]/ . Plik zapisany jest w kodowaniu UTF-8 i niezbędne jest, aby dane w nim zawarte zostały wprowadzone do bazy danych tak, aby nie nastąpiło przekłamanie związane ze zmianą kodowania znaków. Przykładowe oprogramowanie umożliwiające wprowadzenie takich danych do wielu różnych rodzajów baz danych to bezpłatny SQuirreL SQL bazujący na języku Java i protokole JDBC.

Wewnątrz pliku wydzielono sekcje zapytań realizujące kolejne kroki migracji struktur danych. Ze względu na bezpieczeństwo danych zaleca się, aby migracji struktur danych dokonywać stopniowo, zgodnie z sekcjami wewnątrz pliku z zapytaniami.

Jednym z elementów migracji bazy danych w wersji 2.5 jest narzucenie ograniczenia na unikalność adresu e-mail użytkowników. Może się jednak zdarzyć, że nie będzie to możliwe ze względu na zduplikowane adresy e-mail. W takiej sytuacji administrator biblioteki cyfrowej powinien podjąć decyzje co zrobić ze zduplikowanymi adresami. Najprościej w trakcie migracji zmienić je z poziomu bazy danych na tymczasowe unikalne, a po uruchomieniu nowej wersji systemu przy pomocy Aplikacji Administratora wprowadzić docelowe zmiany. Często zdarza się, że zduplikowane adresy e-mail odpowiadają zduplikowanym kontom założonym przez czytelników i wtedy można np. starsze z takich zduplikowanych kont usunąć.