W katalogu głównym Aplikacji Czytelnika znajdują się miedzy innymi następujące pliki:
index.html, dlibra.html - początkowe pliki nawigacyjne Aplikacji Czytelnika.
index-loading.html - plik wyświetlany w trakcie uruchamiania Aplikacji Czytelnika.
index-off.html - przykładowy plik, który może być wykorzystany w trakcie przerwy technicznej w działaniu Aplikacji Czytelnika.
*.rss, *.rdf - generowane okresowo pliki kanałów RSS.
pubViewer.jar - applet do przeglądania zabezpieczonych publikacji HTML.
Dodatkowo w katalogu tym znajdują się następujące podkatalogi:
exlibris - opcjonalny katalog zawierający ekslibrisy poszczególnych instytucji umieszczających swoje publikacje w bibliotece cyfrowe. Ekslibrisy te mogą być automatycznie wyświetlane na stronie z opisem bibliograficznym publikacji. Mechanizm ten jest szczególnie przydatny w regionalnych bibliotekach cyfrowych.
jnlp - katalog z aplikacją redaktora uruchamianą przy pomocy technologii Java WebStart .
stats - automatycznie generowany katalog ze statystykami biblioteki cyfrowej.
style - katalog z obrazkami, plikami styli CSS itp. wykorzystywanymi w aplikacji czytelnika. Zawiera on następujące podkatalogi:
admin - pliki wykorzystywane w panelu administracyjnym WWW.
common - pliki graficzne itp. niezależne od aktualnie wybranego stylu prezentacji Aplikacji Czytelnika.
dlibra - pliki graficzne wykorzystywane w domyślnym szablonie prezentacji Aplikacji Czytelnika.
WEB-INF - katalog niedostępny przez przeglądarkę WWW, zawierający pliki realizujące funkcjonalność Aplikacji Czytelnika. Zawiera on następujące katalogi:
classes, lib - katalogi z plikami binarnymi realizującymi funkcjonalność Aplikacji Czytelnika.
res - katalog z plikami tekstowymi zawierającymi statyczne informacje tekstowe wykorzystywane w Aplikacji Czytelnika.
templates - katalog zawierający szablony wykorzystywane w Aplikacji Czytelnika.
oraz pliki:
actions.xml, components.xml - pliki konfiguracyjne komponentów i akcji (patrz niżej).
diacritic.properties - plik konfigurujący konwersję znaków diakrytycznych.
ignored_agents.txt, ignored_ips.txt - pliki z wyrażeniami regularnymi opisującymi wartości pola user-agent oraz adresy IP. Wystąpienie tych wartości w żądaniach HTTP będzie powodowało wyłączenie tych żądań ze statystykach Aplikacji Czytelnika.
pages.xml - plik konfiguracyjny stron (patrz niżej)
periodic.xml - plik konfiguracyjny zadań okresowych wykonywanych w Aplikacji Czytelnika.
templates.properties - plik konfiguracyjny z dodatkowymi ustawieniami szablonów Aplikacji Czytelnika.
velocity.properties - plik konfiguracyjny mechanizmu generowania szablonów Aplikacji Czytelnika.
web.xml - główny plik konfiguracyjny Aplikacji Czytelnika.